WinSCPはトンネルの設定があり単体で踏み台経由の接続ができますが、残念な事にこのツールがWindows版しか無い為、他のOSでは別の方法をとる必要があります。
その一例としてsshコマンドによるポートフォワードを使った接続を紹介します。
１．ターミナルを立ちあげてポートフォワードを行う
ssh -L <ローカルポート>:<転送先ホスト>:<転送先ポート> <踏み台ホスト>
ローカルポート：FileZillaに設定したいポート番号
転送先ホスト：踏み台からアクセスするサーバー
転送先ポート：踏み台からアクセス先のサーバーへ接続するポート
例えば普段SSHで以下のように接続する場合
ssh user1@172.16.33.43 (踏み台)
ssh user2@192.168.1.6 (転送先)
割り当てるローカルポート番号を10022とすると
ssh -L 10022:192.168.1.6:22 user1@172.16.33.43 -p 22
この状態でlocalhost:10022は172.16.33.43経由で192.168.1.6:22に接続される。
注意点としては上記コマンドを実行して172.16.33.43にログインした後は、FileZillaの作業が終わるまで閉じないこと。
２．FileZilla で接続する。
ホスト名に localhost、ポートに 設定したポート番号、ユーザ名はuser2
（上記の例で行くと 10022 を設定する）